Die Ausrichtung der PISA gerät zunehmend in Deutschland unter Kritik. Die PISA-Studie aus dem Jahre 2000 orientiert sich insbesondere an dem Konzept der „Realistic Mathematics Esucation“ welches überwiegend in Großbritannien und den Vereinigten Staaten als Leitbild dient. Das deutsche Schulsystem geht dagegen eher den Weg der fachlich differenzierten Bildung. So haben zum Beispiel deutsche Schüler genau bei den Fragen die eine fachliche Nähe zu einem Teilgebiet überdurchschnittlich abgeschnitten. Auch die Konzeption des Pisa-Lesetests 2000 ist weit von den Lehrplänen des Deutschunterrichts entfernt. Während an den deutschen Schulen ein breites Spektrum literarischer Texte behandelt wird, dominieren im Pisa-Test Sachtexte, wie Gebrauchsanweisungen, technische Beschreibungen und Zeitungsberichte.

Richard Münch führt diese Kluft des deutschen Bildungssystems und der PISA-Studie in seiner im Februar 2009 erscheinenden Studie „Globale Eliten, lokale Autoritäten: Bildung und Wissenschaft unter dem Regime von PISA“, McKinsey & Co. Frankfurt (Edition Suhrkamp, 2009) auf den Mangel der fächerübergreifenden Grundkompetenz zurück. Nach Münch fehlt dem deutschen Bildungssystem ein fächerübergreifend methodisches Vorgehen für die breite Masse. Aus diesen Gründen sieht Münch eine Unterwerfung (unterdurchschnittliches Abschneiden) der deutschen Kultur des Fachwissens unter die angloamerikanische Fokussierung auf allgemeine Kompetenzen in der PISA-Studie. - Die Konsequenz ist eine unzulängliche Interpretation der PISA-Studie.

Nach einer Umfrage des Sterns zur Bildungspolitik sehen nur 1 Prozent der Bundesbürger eine Verbesserung im Bildungsystem seit der ersten Pisa-Studie vor 7 Jahren. Diese 1 Prozent sehen eine deutliche Verbesserung in den vergangenen Jahren. 33 Prozent dagegen meinen, dass sich das Bildungssystem nur "etwas" verbessert hat. Und noch mehr (37 Prozent) meinen das sich im Bildungssystem in den vergangenen Jahren nichts getan hat. 18 Prozent sind sogar der Ansicht das sich das Bildungssystem verschlechtert habe.

Manfred Prenzel, Leiter der Pisa-Studie in Deutschland mahnte gegenüber dem Stern aber zur Geduld, denn "tiefgreifende Veränderungen im Schulsystem brauchen zehn bis 20 Jahre". Am Dienstag den, 18.11.2008 werden die Ergebnisse der neuen Pisa-Studie in Berlin vorgestellt.